Mit den in Deutschland gesammelten Erfahrungen vor und nach dem Zweiten Weltkrieg und der daraus gewonnenen Einsicht in die Notwendigkeit der Schaffung demokratischer kultureller und politischer Institutionen wurde Shepard Stone als Direktor der Ford Stiftung einer der maßgeblichen Architekten des Wiederaufbaus und der Wiederaussöhnung mit Deutschland und Berlin in der Nachkriegszeit. Für den Auf-und Ausbau der Freien Universität in Westberlin, für die Deutsche Oper und für Institute wie das John F. Kennedy Institut und das Osteuropainstitut vermittelte er Millionenspenden von Stiftungsgeldern und öffentlichen Mitteln.
Bis 1967 spendeten die USA insgesamt 98 Millionen DM an die Freie Universität, knapp 80 Millionen davon stammen aus Mitteln des State Departments und 16,6 Millionen von der Ford Foundation. Bis heute ist der Henry-Ford-Bau auf dem Campus der FU, dessen Grundstein bereits 1954 gelegt wurde, ein architektonisches Vermächtnis amerikanischer Wiederaufbauhilfe.
Für seine akademischen und politischen Verdienste verlieh die Freie Universität dem schon 1932 in Berlin bei Hermann Oncken zum Doktor der Philosophie promovierten Shepard Stone zusätzlich im Jahr 1954 die Ehrendoktorwürde.
Darüber hinaus wurde auf seine Initiative hin 1983 das McCloy Academic Scholarship Program für herausragende deutsche Studentinnen und Studenten an der Kennedy School of Government der Harvard Universität gegründet. Das Programm ermöglicht noch heute jährlich sechs hochqualifizierten Stipendiaten einen Masterstudiengang in Harvard und gehört damit zu den höchstdotierten Stipendienprogrammen Deutschlands.
In Berlin war er als Direktor des Aspen Institute außerdem entscheidend an der Schaffung und Durchführung deutsch- amerikanischer Austausch-Programme beteiligt.